Fue privado de la libertad junto a su tío Ramiro Fuentes, su primo y una cuarta persona; sus restos estaban en fosa con más de 20 cuerpos localizada en noviembre de 2024
Salamanca, Gto.- El colectivo Salamanca Unidos Buscando Desaparecidos desactivó la ficha de búsqueda de José Daniel, visto por última vez en marzo de 2021 en la comunidad de Valtierrilla. Su cuerpo fue localizado sin vida durante una jornada de búsqueda, tras casi cinco años de incertidumbre para su familia.
José Daniel fue privado de la libertad junto a su tío, su primo y una cuarta persona más, en marzo del año 2021, en hechos sobre los que a la fecha no se tienen responsables.

En noviembre de 2024 el colectivo localizó una fosa clandestina con más de 20 cuerpos. La labor de extracción duró considerable tiempo, derivado de los procesos forenses que se debían seguir para poder extraer los restos óseos. Cada uno de los restos fue armado bajo criterios forenses, estudiado y cotejado con ADN de familiares que tenían a una persona desaparecida.
De esa fosa, fue identificado su tío, Ramiro Fuentes, y poco después su primo, ambos desaparecidos junto con José Daniel, que en su caso el proceso fue más largo ya que no contaba con familiares directos en Guanajuato. Su mamá y su hermano radican en la Unión Americana, y en coordinación con la Comisión Estatal de Búsqueda, enviaron los estudios de ADN correspondientes para la identificación.


El cuerpo de José Daniel fue entregado a sus familiares para que se le rindiera su servicio fúnebre y posteriormente acompañarlo a su última morada, cerrando así una búsqueda que se extendió por más de tres años.
Cabe mencionar que a la fecha se desconoce quién o quiénes privaron de la libertad a José, a su tío, a su primo y a una persona más. La carpeta de investigación permanece abierta en la Fiscalía General del Estado de Guanajuato, sin que se reporten detenidos por este caso.